اختلافات عمیق سرمربی و مدیران استقلال علنی شده است و جواد نکونام به شدت از عملکرد نقل و انتقالاتی مدیران کلافه می باشد و واکنش مدیران به لیست های خرید او و برنامه ریزی اردو دوبی بدون بازیکنان کافی عصبانیت نکونام را به اوج رسانده است. شرایط این چنینی در یک باشگاه شاید هر سرمربی‌ای را به نقطه آخر برساند. اما آنطور که از ادبیات بدن و زبان نکونام در آخرین مصاحبه‌اش مشهود بود، او قصد پاپس کشیدن ندارد و حتی اگر خطیر برای او بازیکنی هم جذب نکند، با بازیکنان فعلی به کارش ادامه خواهد داد.