فصل ۸۰–۱۳۷۹ پنجاه و پنجمین سال حضور باشگاه فوتبال استقلال در مسابقات فوتبال در ایران بود. استقلال در این فصل در مسابقات جام آزادگان ۸۰–۱۳۷۹شرکت کرد و در پایان با ۱۵ برد و ۵۲ گل زده موفق به قهرمانی در جام آزادگان شد. علی سامره مهاجم استقلال در پایان لیگ با زدن ۱۴ گل عنوان آقای گلی فصل را کسب کرد و نامش در جدول آقای گلی ایران ثبت شد. این فصل آخرین دورهای بود که لیگ آزادگان سطح اول فوتبال ایران نامیده میشد و بعد از این فصل لیگ برتر و حرفهای ایران جایگزین جام آزادگان شد. استقلال که در میانههای فصل گذشته منصور پورحیدری را جایگزین یوگنی سکوموروخوف کرده بود. این فصل را نیز با پورحیدری آغاز کرد. تیم استقلال تهران برای ششمین بار قهرمان این دوره از رقابتها شد و به مسابقات جام باشگاههای آسیا ۰۲–۲۰۰۱ راه پیدا کرد.