صمد مرفاوی در فصل شصت و هشت به استقلال پیوست و ظرف شش سال حضورش در جمع آبی پوشان جامهای مختلفی را کسب کرد. مهترین گلهای او برای استقلال گل قهرمانی استقلال در دیدار نهایی جام باشگاههای ایران (لیگ قدس) در سال شصت و نه در برابر پرسپولیس، گل قهرمانی استقلال در دیدار نهایی جام باشگاههای آسیا هزار و نهصد و نود و یک در برابر لیائونینگ چین، و دو گل به برق شیراز در بازی رفت فینال جام حذفی ایران در سال هفتاد و پنج بود. ضمن اینکه در سالهای شصت و نه ، هفتاد، و هفتاد و یک با پیراهن استقلال سه گل با ضربه سر وارد دروازه پرسپولیس کرد. در عرصه ملی نیز در قهرمانی ایران در بازیهای آسیایی هزار و نهصد و نود حضور موفقی به عنوان مهاجم مکمل فرشاد پیوس داشت و یک گل حساس در مرحله یک چهارم نهایی به ژاپن زد. مرفاوی در مجموع به عنوان مهاجم استقلال یک قهرمانی آسیا ، یک قهرمانی لیگ ایران ، یک قهرمانی جام حذفی ایران ، یک قهرمانی جام باشگاه های تهران و قهرمانی سوپر جام تهران را کسب کرده است. او توانسته بود آقای گلی جام باشگاه های آسیا و جام اکو را بدست آورد و سومین بازیکن برتر آسیا در سال هزار و نهصد و نود و یک لقب بگیرد. صمد مرفاوی بعد از بازنشستگی چندین برهه در کادر فنی استقلال نیز حاضر بوده است.