استقلال فصل را با تغییر مربی آغاز کرد و قلعه‌نویی ۳ فصل دوری از تیم به خانه برگشت تا استقلال را در راه قهرمانی هدایت کند. اتفاق بزرگ فصل برای استقلال بازگشت مجیدی در میانه فصل بود که کمک شایانی به تیم در راه قهرمانی لیگ برتر کرد. در پایان فصل جام قهرمانی را بالای سر برد. این سومین قهرمانی استقلال در لیگ برتر بود و این قهرمانی همچون دو قهرمانی پیشین با مربی‌گری امیر قلعه‌نویی به دست آمد.

تیم استقلال در هفته‌های نخست لیگ نمایش دل‌چسبی نداشت و در امتیازگیری نیز ناموفق بود. اما در ادامهٔ بازی‌ها تیم منسجم‌تر شد و روند بهتری پیدا کرد. استقلال در هفتهٔ چهاردهم به صدر جدول لیگ رسید و تا پایان فصل، صرف‌نظر از هفتهٔ هفدهم، جایگاه خود را بالای جدول رده‌بندی حفظ کرد. سرانجام در ۱۵ اردیبهشت ۱۳۹۲ و پس از پیروزی بیرون از خانه برابر فولاد خوزستان، استقلال به فاصلهٔ یک هفته مانده به پایان لیگ به مقام قهرمانی رسید. این سومین قهرمانی استقلال در لیگ برتر فوتبال ایران و نهمین قهرمانی آنان در بالاترین سطح مسابقات فوتبال ایران بود.