فرشید باقری در ۲۷ اسفند ۱۳۹۹ از استقلال جدا و راهی گل‌گهر سیرجان شد. این بازیکن هنوز بابت بازی در استقلال از این تیم طلبکار است.

حتی در بهمن مال سال گذشته قصد طرح شکایت نزد AFC را داشت. با این حال بررسی‌ها حاکی از آن است که او با باشگاه استقلال توافقاتی دست پیدا کرده و به زودی این مسئله تعیین تکلیف می‌شود.